Un des buts originaux de FishBase était de permettre aux chercheurs d'accéder à la masse de données disponibles sur les divers aspects de la biologie des poissons.
Cependant, avant que ces données puissent être analysées, une vue d'ensemble de leurs caractéristiques est nécessaire. Pour cela, FishBase calcule sur demande de nombreux ‹ graphiques actifs ›, à partir des données extraites d'une ou de plusieurs tables (cliquer sur les boutons graphiques).
Ces graphiques ont actuellement six formes différentes :
Les points 1 à 4 n'exigent pas de commentaire, sauf pour signaler que nous continuerons à essayer d'améliorer leur présentation, en s'inspirant des concepts de Tufte (1983).
Le point 5 est une idée récente introduite pour la première fois dans FishBase 96 dont nous sommes assez fiers, car elle a résolu d'un seul coup plusieurs problèmes liés aux données numériques grâce à des graphiques simples :
i) les courbes bivariées permettent d'apprécier visuellement la variabilité des données en rouge pour une espèce ou un groupe donné ;
ii) le nuage de points en jaune concernant les autres espèces permet de situer l'espèce étudiée comparativement à un groupe plus important ;
iii) des structures dans les données peuvent être détectées visuellement, encourageant ainsi la formulation de nouvelles hypothèses et des analyses supplémentaires ; et
iv) des données aberrantes en jaune ou en rouge peuvent être détectées immédiatement et être utilisées dans la formulation de nouvelles hypothèses si elles sont correctes.
Ces quatre caractéristiques des graphiques de FishBase déjà mis en exergue dans la version 1996, jouent un rôle très important dans FishBase 99 qui offre au moins un, et souvent plusieurs graphiques dans la plupart des vues.
Ainsi, en même temps que cette multiplication de graphiques améliore la consultation des données, un nouveau rôle de FishBase a été développé : présenter les données de manière à tester les principales hypothèses sur la biologie des poissons, ou la situation des pêcheries.
Des exemples de graphiques illustrant d'anciennes hypothèses sont la courbe de distribution de fréquences des prédateurs en fonction de la taille des proies (voir Fig. 34) relative à une théorie importante d'Ursin (1973) ; ou la courbe des contenus en ADN par cellule chez les poissons en fonction d'un indice de forme de leurs nageoires caudales (Fig. 52) qui présente une première preuve directe de l'hypothèse d'Hinegardner (Hinegardner 1968 ; Cavalier-Smith 1991).
Des exemples de graphiques illustrant des relations nouvellement découvertes sont nos courbes des niveaux trophiques des espèces capturées par les pêcheries en fonction du temps (voir Fig. 4). Ces graphiques n'ont été publiés dans la littérature primaire que récemment (Pauly et al. 1998), et ont eu un impact médiatique conséquent, car ils illustrent des tendances extrêmement inquiétantes (voir par exemple, Holmes 1998 ; Stevens 1998).
Fig. 4. Tendance du niveau trophique moyen des débarquements dans la zone FAO 27 (Atlantique Nord-Est). Noter le déclin régulier, indiquant une transition graduelle des grands piscivores aux petits poissons planctonophages et aux invertébrés.
Ces nouveaux graphiques, souvent calculés à partir des données de plusieurs tables, ne sont pas toujours simples à interpréter, comme Wootton l'a indiqué dans une analyse récente de FishBase (Wootton 1997 ; voir ‹ La réalisation de FishBase : Journal of Fish Biology ›). En conséquence, nous avons introduit des textes encadrés pour expliquer les données utilisées, la théorie sous-jacente au calcul effectué et l'interprétation possible d'un graphique donné. Ces encadrés peuvent être envisagés comme de courtes publications car ils sont signés, et les collaborateurs de FishBase sont invités à contribuer de cette manière (textes et/ou graphiques) dans les versions futures en suivant les exemples de ce volume.
| Encadré 3. Utilisations des
encadrés dans FishBase. De nombreux chapitres de FishBase
99 : concepts, structure et sources de
données comprennent des encadrés présentant des
aspects pertinents du sujet en accompagnement du texte
principal. |
Ici encore, les suggestions des utilisateurs ou collaborateurs de FishBase sont les bienvenues, comme le sont les offres de collaboration pour développer de nouvelles procédures.
Remerciements
Je remercie les informaticiennes de FishBase, Portia Bonilla, Alice Laborte et Ma. J. France ‹ Skit › Rius pour leurs patience quant à l'implémentation de mes idées, même les plus bizarres, et Felimon ‹ Nonong › Gayanilo, Jr. pour les premiers graphiques interactifs dans FishBase.
Références
Cavalier-Smith, T. 1991. Coevolution of vertebrate genome, cell and nuclear sizes, p. 51-85. In G. Ghiara et al. (eds) Symposium on the evolution of terrestrial vertebrate, selected symposia and monographs. U.Z. 1, 4 Mucchi, Modena.
Hinegardner, R. 1968. Evolution of cellular DNA content in teleost fishes. Am. Nat. 102 : 517-523.
Holmes, B. 1998. The rape of the sea : fishing fleets are rampaging their way down the marine food chain. New Scientist 157(2121) : 4.
Pauly, D., V. Christensen, J. Dalsgaard, R. Froese et F. Torres, Jr. 1998. Fishing down the food webs. Science 279 : 860-863.
Stevens, W.K. 1998. Man moves down the marine food chain creating havoc. New York Times (10 February 1998) : B12.
Tufte, E.R. 1983. The visual display of qualitative information. Graphics Press, Cheshire, Connecticut. 197 p.
Ursin, E. 1973. On the prey preference of cod and dab. Medd. Danm. Fisk. Havunders. N.S. 7 : 85-98.
Wootton, R.J. 1997. Review of FishBase 96. J. Fish Biol. 50(3) : 684-685.
Daniel Pauly